00 01 02 03 04 05 06 07
00
01
02
03
04
05
06
07

Ugotavljanje VKORC1 polimorfizma: Primerjava metod verižne reakcije s polimerazo/ polimorfizma dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR + RFLP) z alelno specifično verižno reakcijo s polimerazo

Nadja Kokalj-Vokač, Alenka Erjavec Škerget, Boris Zagradišnik, Nastja Stankovič, Špela Stangler–Herodež

Univerzitetni klinični center Maribor, Laboratorij za medicinsko genetiko, Maribor, Slovenija;Univerza v Mariboru, Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, Maribor, Slovenija; v Mariboru, Medicinska fakulteta, Katedra za molekularno biologijo, Maribor
Dopisovanje
Alenka Erjavec Škerget
Univerzitetni klinični center Maribor,
Laboratorij za medicinsko genetiko,
Ljubljanska ul. 5, SI–2000 Maribor,
Slovenija
Telefon +386 23212737
Fax +386 23312393
E–pošta: alenka.erjavec@ukc–mb.si

Izvleček

Namen: VKORC1 polimorfizem je pomemben genetski dejavnik, ki vpliva na zahtevan odmerek varfarina pri bolnikih, ki potrebujejo različne odmerke varfarina za doseganje antikoagulacijskega terapevtskega učinka. Cilj naše raziskave je bil na vzorcu splošne populacije ugotoviti frekvenco enonukleotidnega polimorfizma (SNP) v VKORC1 genu na preprost, hiter in ekonomičen način. 
 
Metode: Za genotipizacijo smo upo- rabili metodo verižne reakcije s polimerazo oz. polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR/RFLP), ki smo jo primerjali z metodo alelno specifične verižne reakcije s polimerazo. Genotipizirali smo 441 vzorcev genomske DNA preiskovancev iz severovzhodne Slovenije. Ocenili smo, ali je izbrana skupina v Hardy-Weinbergovem ravnovesju, ter izračunali posamezne genotipe in frekvenco alelov.
 
Rezultati: Rezultati, pridobljeni z alelno specifično verižno reakcijo s polimerazo, so se popolnoma ujemali z rezultati, pridobljenimi z metodo PCR/RFLP. Frekvenca alela G (0,62) je višja kot frekvenca alela A (0,38) v testirani skupini iz severovzhodne Slovenije. 
 
Zaključek: Izkazalo se je, da PCR/RFLP metoda vključuje dodatne korake na račun časa analize, porabe reagentov in opreme. Na podlagi rezultatov zaključujemo, da alelno specifična verižna reakcija s polimerazo omogoča odkrivanje SNP v VKORC1 genu na bolj enostaven, hitrejši in cenovno bolj sprejemljiv način.

Celoten članek